Kamisaka Haruhi est une élève modèle de la Section Magie de la Mizuhosaka Academy. Dans son enfance, elle a été sauvée d'une mauvaise situation par un garçon pourvu de pouvoirs magiques, ce qui lui a donné l'envie de devenir magicienne à son tour. Elle fait alors la conaissance de Kohinata Yuuma. Il lui rapelle ce garçon du passé, mais lui, est dépourvu de pouvoirs... N'y a t-il qu'une simple ressemblance ? La petite troupe d'amis va vite se former avec Hiiragi Anri, son amie et double négatif à l'ego démesuré, Takamizo Hachisuke et Watanase Jun, un garçon pour le moins ambigu. La joyeuse troupe ira d'aventure en aventure avec pour toile de fond, la question, Yuuma est-il le garçon de ses souvenirs.
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