L'histoire se passe vers la fin du XIXème siècle. Les Akumas, sorte de démons créés par un humain voulant retrouver une personne aimée deviennent de plus en plus nombreux et la fin du monde est proche.
Pour sauver l'humanité, les Exorcistes, ceux qui sont choisis par Dieu, combattent les Akumas.
Allen Walker est un jeune garçon qui vient juste d'acquérir le titre d'exorciste, il ne vit que pour détruire les Akumas et leur créateur: le Compte Millénaire.
L'histoire débute dans une maison, dite hantée, où Allen pense trouver un Akuma. C'est ici que commence le long parcours d'Allen et son combat contre les Akumas.