Glass Heart est le nom de code d'une tueuse professionelle. Celle-ci est connue pour faire son travail à la perfection et à obéir aveuglément à l'organisation à laquelle elle appartient. Mais,lors de son cinquantième meurtre, elle voit la fille de l'homme qu'elle a assasiné rapporter des glaces. A cet instant, son coeur de verre se brisa et elle décida de se jeter du haut d'un immeuble pour enfin trouver la liberté dans la mort. Malheureusement, les membres de l'organisation ne voulurent pas abandonner leur meilleur élement et transplantèrent un nouveau coeur à Glass Heart, car celui fut transpercé par la grille qui se trouvait au bas de l'immeuble d'où elle avait sautée. Ce coeur volé appartenait à Kaori Makimura, la défunte assistante de Ryo Saeba alias City Hunter morte dans un accident lorsqu'elle tenta de sauver un garçon qui faillit se faire écraser par une voiture. Un an après que le coeur fut transplanté, une voix appelle Glass Heart pour qu'elle se réveille et qu'elle aille rejoindre celui qu'elle aime Ryo Saeba. Ne voulant plus tuer, Glass Heart sera néanmoins obliger de se réveiller de retrouver celui qui hante ses rêves,elle apprendra aussi au fûr et à mesure, grâce à l'influence de Kaori qui communique avec elle, à apprendre à aimer et à ne plus tuer.,