Keiichi Morisato, jeune étudiant, fait un jour un faux numéro et appelle 'SOS Déesse Amitié'. L'opératrice lui dit alors qu'une déesse va venir exaucer un de ses vœux... et une jeune femme, Belldandy, sort du miroir derrière notre héros.
Elle explique à Keiichi qu'elle est une Déesse et peut lui exaucer un vœu, n'importe lequel, mais un seul et unique.
Keiichi, croyant qu'il s'agit d'une blague de ses camarades, souhaite alors qu'une déesse comme Belldandy reste auprès de lui pour toujours. Le souhait lui est accordé, à sa grande surprise: Belldandy va donc rester vivre avec lui sur Terre.

Cependant vivre avec une Déesse s'avèrera ne pas être de tout repos...